Он участвовал в изучении и внедрении в практическую онкологию ряда оригинальных противоопухолевых препаратов, в том числе сегидрина и диоксадэта, которые прошли предклиническую и клиническую апробацию.
В серии фундаментальных исследований Александром Николаевичем Стуковым было проведено исследование новой группы потенциально противоопухолевых соединений – алкилнитрозоуреидодиоксанов и алкилнитрозоуреидопропандиолов, созданных по оригинальной идее зависимости биологических свойств веществ не только от их химических, но и от физико-химических свойств. В 1998 году Александр Николаевич установил, что для реализации противоопухолевого эффекта препаратов обязательно одновременное присутствие в молекуле хлорэтиламинной и нитрозогруппы. Полученные сведения открыли перспективы в создании новых эффективных противоопухолевых препаратов.
Александром Николаевичем Стуковым в 2015 году впервые был разработан новый метод внутримозговой трансплантации опухолей у мелких лабораторных животных. В том же году им была подтверждена и теоретически обоснована активность гемцитабина при новообразованиях головного мозга. Полученные результаты создали новые предпосылки в терапии злокачественных опухолей, в том числе и опухолей, локализующихся в головном мозге.
При непосредственном участии Стукова распознан ранее нигде не описанный побочный эффект антиэстрогена торемифена, выражающийся в появлении пахово-мошоночных грыж у мышей-самцов при введении терапевтических доз препарата, что связано с влиянием торемифена на обмен коллагена в соединительной ткани и должно быть принято во внимание при клиническом использовании антиэстрогенов, как у мужчин, так и у женщин из-за риска развития грыж, пролапса тазовых органов и инконтиненции.
В настоящее время Стуковым А.Н. выполняется ряд работ, также имеющих большое научное и практическое значение. Проводится предклиническое изучение нового отечественного противоопухолевого препарата хлонизола, отличающегося от применяемых в клинической практике зарубежных аналогов более выраженной терапевтической активностью. Препарат может быть использован в лечении злокачественной меланомы, злокачественных лимфом, первичных и метастатических опухолей головного мозга. Александром Николаевичем Стуковым исследуются новые методы внутриполостной терапии опухолей. В экспериментах установлены преимущества отечественного препарата диоксадэта перед другими препаратами при гипертермической перфузионной химиотерапии канцероматоза брюшной полости.
В 2015 году Стуков стал старшим научным сотрудником научного отдела инновационных методов терапевтической онкологии и реабилитации, где работает и сейчас.
Им предложен новый математический критерий оценки противоопухолевой активности в доклинических исследованиях, который в отличие всех используемых в настоящее время критериев, является интегральным показателем, учитывающим не только выраженность противоопухолевого эффекта изучаемого воздействия, но и его устойчивость. Этот критерий, обозначенный как «индекс роста опухоли», получил научное признание и нашел широкое применение в работах исследовательских центров, занимающихся поиском новых противоопухолевых средств.