В 1987 году избран на должность старшего научного сотрудника, в 1992-м переведен на должность ведущего научного сотрудника, а уже в 1995 году стал руководителем лаборатории цитологии.
В конце 80-х годов сотрудники Государственного оптического института им.С.И. Вавилова провели работы по морфо-метрии и цитофотометрии ДНК с использованием анализатора микроизображений, в результате которых разработаны алгоритмы автоматизированной цитологической диагностики доброкачественных, предопухолевых и опухолевых процессов шейки матки и эндометрия.
В 1991 году В.И. Новик защитил докторскую диссертацию на тему «Оптимизация цитологической диагностики предраковых заболеваний и рака яичников и оптимизация вопросов цитоморфологического исследования», в 2008 году был утвержден в звании профессора.
В 1993 году Новик стал заведующим цитологической лабораторией НИИ онкологии. Н.Н. Петрова и успешно руководил им в течение 23 лет. Благодаря интересу Виктора Ивановича к новым цифровым технологиям, в лаборатории с 1993 года ведется компьютерная база данных цитологических исследований, которая стала примером современной лабораторной информационной системы в цитологической лаборатории.
В 1992 году в России создана Общероссийская общественная организация «Ассоциация клинических цитологов», вошедшая в состав «Международной академии цитологии». Виктор Иванович принимает активное участие в жизни ассоциации, является членом правления Российского общества клинических цитологов и членом редколлегии журнала «Новости российской клинической цитологии».